Un estuario es un ecosistema generado por el agua dulce de ríos y quebradas y el contacto con el agua salada del mar. El sistema del Estuario de la Bahía de San Juan es uno complejo de bahías, lagunas, ciénagas, y manglares interconectados por canales. Su cuenca hidrográfica contiene 3,400 acres— extendiéndose por 16.5 millas del litoral del área metropolitana de San Juan y por 8 municipios. El Programa del Estuario de la Bahía de San Juan es una entidad sin fines de lucro que emprende proyectos de manera comprensiva e intersectorial para mejorar la calidad del agua de este importante ecosistema. Su agenda es de importancia nacional al pertenecer al Programa Nacional de Estuarios de los Estados Unidos, creado por la Ley Federal de Aguas Limpias.