Las áreas naturales protegidas incluyen bosques del Estado Libre Asociado de Puerto Rico, reservas naturales, tanto en el mar como en los estuarios, y refugios de vida silvestre, entre otros. Estas áreas son designadas de diversas formas  dependiendo de la razón por la que son delimitadas, qué mecanismo de conservación es utilizado, cuál es la agencia o entidad propietaria del terreno y quién administra el área.

Los bosques del Estado Libre Asociado son establecidos mediante proclamaciones emitidas por el gobernador de Puerto Rico en conformidad con la Ley de Bosques de Puerto Rico (Ley 133, 1975), mientras que los refugios de vida silvestre son establecidos por el secretario del Departamento de Recursos Naturales y Ambientales de Puerto Rico (DRNA) bajo la Ley de Vida Silvestre de Puerto Rico (Ley 241, 1999) y el Reglamento núm. 6765 (Reglamento para Regir la Conservación y el Manejo de la Vida Silvestre, las Especies Exóticas y la Caza en el Estado Libre Asociado de Puerto Rico). En cambio, las reservas naturales se establecen por medio de diferentes mecanismos (caso judicial Castro-Prieto et al. en prensa): la adquisición de terrenos por medio del Programa de Legado Forestal, que es administrado por el DRNA, pero donde el Servicio Forestal del USDA otorga fondos para la adquisición de terrenos; mitigaciones en proyectos de desarrollo; donaciones; y las servidumbres de conservación.

La Junta de Planificación y la Asamblea Legislativa también tienen la potestad de designar áreas de alto valor ecológico.

El gobierno de los Estados Unidos también puede designar y administrar terrenos protegidos siguiendo alguno de los siguientes mecanismos: puede designar un bosque nacional según la Ley de Manejo Forestal de 1897; designar una reserva nacional de investigación en estuarios mediante la Ley Federal para el Manejo de la Zona Costera de 1972; o establecer refugios naturales de vida silvestre según la Ley Nacional del Sistema de Refugios de Vida Silvestre de 1966 y la Ley de Mejoras al Sistema Nacional de Refugios de Vida Silvestre de 1997 (Castro-Prieto et al. en prensa).

Existen áreas protegidas que son administradas por entidades privadas como, por ejemplo, Para la Naturaleza, Ciudadanos del Karso, Casa Pueblo y Tropic Ventures.

El Programa de Parques Nacionales—ahora adscrito al DRNA—también administra balnearios, parques y centros vacacionales en áreas naturales de valor ecológico con instalaciones para el disfrute de la ciudadanía.

Según el inventario de áreas protegidas desarrollado por el Equipo de Acción para la Conservación de Áreas Protegidas (PACAT, por sus siglas en inglés) y que fue actualizado por última vez en diciembre de 2016, en Puerto Rico hay 159 áreas que ocupan el 16 % (1,436 km2) de la superficie del archipiélago. Si no incluimos la Zona Restringida del Área de Planificación Especial del Carso, estas áreas comprenden alrededor del 8% del archipiélago (Castro-Prieto et al. en prensa).

La cuenca del Estuario de la Bahía de San Juan cuenta con catorce (14) áreas naturales protegidas que comprenden 23.7 km2 de su área (10% del área total de la cuenca). Las áreas naturales protegidas de mayor extensión son: (de mayor a menor)

•   Bosque Estatal de Piñones (8.9 km2)
•  Reserva Natural Ciénaga las Cucharillas (2.8 km2) 
•   Área Natural Protegida Los Frailes (2.7Km2).

Los municipios con mayor extensión de áreas protegidas son: (de mayor a menor) Loíza (11.6 km2 o 49% de su área total dentro de la cuenca), San Juan (6.4 km2 o 27% de su área), Cataño (2.8 km2 o 12%) y Bayamón (1.2 km2 o 5%).