La Corporación para la Conservación del Estuario de la Bahía de San Juan cuenta con la designación como organización sin fines de lucro bajo la sección 501(c)(3) del código federal de los Estados Unidos, así como con el estatus de exención contributiva bajo la sección 1101.01(a)(2) del código de Puerto Rico.
El Estuario de la Bahía de San Juan ofrece la Certificación de Ciudadanos Científicos en Resiliencia Costera a estudiantes de 9no a 12mo grado de escuelas públicas o privadas. Estas actividades podrán ser certificadas como horas de servicio comunitario o de Contacto Verde (según aplique).