El Programa de Monitoreo de Calidad de Agua del Estuario de la Bahía de San Juan tiene como función el velar por la calidad de las agua del Estuario de la Bahía de San Juan mediante la caracterización físico-química de sus cuerpos de agua. La evaluación se lleva a cabo mediante la cuantificación y medición mensual de parámetros que utilizan indicadores ambientales. Estos indicadores, a su vez nos permiten la recopilación de datos y la realización de diversos análisis que nos permiten conocer las condiciones de los ecosistemas contenidos en dichos cuerpos de agua. El programa es un componente esencial del Programa del Estuario de la Bahía de San Juan (PEBSJ) debido a que permite estudiar el impacto de las actividades ejecutadas a través del Plan Integral de Manejo y Conservación del PEBSJ sobre los cuerpos de agua del EBSJ.

El Programa de Monitoreo de Calidad de Agua del EBSJ tiene los siguientes objetivos principales:

• Determinar la condición actual del Estuario y cómo esta cambia con el tiempo.
• Identificar y corregir fuentes de contaminación.
• Levantar bandera roja en caso de que se observe algún contaminante y de esta forma notificar a las agencias correspondientes.
• Generar una base de datos para estudios y publicaciones.
• La educación y adiestramiento a voluntarios en técnicas de monitoreo ambiental.

Durante el monitoreo mensual se recolectan datos de ocho parámetros físico-químicos mediante el uso de instrumentos de campo: temperatura, oxígeno disuelto, turbidez, pH, transparencia, conductividad específica, salinidad y oxígeno disuelto saturado. Algunos de estos parámetros tienen valores meta, los cuales indican si los datos recolectados ese día cumplen con los estándares de calidad de agua del PESBJ. Dos veces al año se tomarán muestras de agua para cada estación con el fin de someterlas a pruebas de laboratorio. Estas pruebas incluyen 11 nuevos parámetros de calidad de agua que nos ayudarán a elaborar un análisis más profundo sobre el estatus actual de la calidad de agua del EBSJ.

El Programa de Monitoreo de Calidad de Agua del EBSJ delimitó 25 estaciones de monitoreo a través de la cuenca hidrográfica del EBSJ cubriendo 14 cuerpos de agua que varían entre: ríos, quebradas, canales estuarinos, lagunas y la Bahía. Los datos son recolectados una semana al mes. Los viajes de campo fueron diseñados para maximizar el tiempo de trabajo en cuatro días, por lo tanto las estaciones son agrupadas por día de monitoreo en cuatro grupos: estaciones del Río Piedras, estaciones de la Bahía de San Juan, estaciones de la Laguna San José y Torrecillas y estaciones terrestres.