Durante un año escolar, el Estuario entra en una colaboración con una escuela pública o privada y le hace entrega de una maleta equipada con instrumentos para realizar diversas pruebas de calidad de agua. La escuela adopta un cuerpo de agua y se compromete a realizar actividades de monitoreo de calidad durante ese año escolar. El Estuario también apoya a cada Escuela Guardián con el ofrecimiento de charlas, talleres y actividades especiales. Los datos de los monitoreos de calidad de agua que realiza cada escuela son documentados en una base de datos del Estuario.